Er war das vierte Kind und ältester Sohn einer wohlhabenden Familie. Der Vater Yoroku Ueshiba war ein angesehener Bauer und seine Mutter Yuki Itokawa stammte aus einer adligen, landbesitzenden Familie.
Mit ungefähr sieben Jahren studierte Morihei Ueshiba auf Geheiß seines Vaters konfuzianische Klassiker. Aufgrund wiederkehrender Träume unterwies Ueshibas beunruhigter Vater ihn dann in Sumo und Schwimmen.
Ueshiba absolvierte die höhere Grundschule in Tanabe und ging anschließend im Alter von siebzehn Jahren auf die Mittelschule, die er allerdings nicht lange besuchte und sich stattdessen entschloss, sein Studium auf der Handelsschule von Yoshida neu aufzunehmen.
1902 schied er aus der lokalen Steuerbehörde aus, bei der er seinen Dienst während seines Schulbesuchs aufnahm, und ging nach Tōkyō, wo er als Händler ein Geschäft für Schreibwaren und Schulbedarf im Handelsviertel von Nihombashi betrieb. Zur selben Zeit begann er mit dem Kampfstudium des traditionellem JūjutsuKenjutsu; wegen einer Beriberi-Erkrankung musste er dies jedoch abbrechen und nach Tanabe zurückkehren. Dort heiratete er sehr bald Hatsu Itokawa (* 1881). 1903 trat Morihei Ueshiba als Freiwilliger der Armee in Ōsaka bei und nahm wenige Jahre später am russisch-japanischen Krieg teil.
Nachdem er wegen seiner Tapferkeit und seines Muts auf dem Schlachtfeld zum Feldwebel befördert wurde, schickte man Ueshiba auf Heimaturlaub. Diesen nutzte er, um im Nakai Masakatsu Dōjō den Gotō-Stil des Yagyū-ryū Jūjutsu zu erlernen.
1907 entließ ihn die Armee. Er kehrte nach Tanabe zurück, wo er auf dem Hof der Familie Ueshiba arbeitete. Zeitgleich engagierte Yoroku Ueshiba den Jūdōka Kiyo'ichi Takagi, um Morihei in der eigens zum Dōjō umgebauten Scheune unterrichten zu lassen.
1912 nahm Morihei Ueshiba an einem Programm der Regierung Teil und siedelte mit weiteren Mitstreitern auf den nördlichen Teil der Insel Hokkaidō um. Ueshiba setzte sich neben seiner Betätigung als Landwirt in den kommenden Jahren für die sozialen Lebensumstände wie verbesserte Wohnbedingungen und die Bildung einer Grundschule in der Siedlung ein. Während dieser Zeit lernte er den Daitō-Ryū-Meister Sokaku Takeda kennen, bei dem er nach intensivem Training sein Daitō-ryū Jūjutsu-Diplom erlangte.
Von dem Zeitpunkt an verfeinerte Morihei Ueshiba seine Kampfkunst bis zu seinem Tode. Die spirituelle Entwicklung trat dabei immer mehr in den Vordergrund und wirkte sich auch auf die Techniken aus, was nicht zuletzt auf diverse einschneidende Erlebnisse zurückzuführen ist. So änderte er etwa um 1925 den Namen von Aiki-Bujutsu in Aiki-Budō, da das Dō auf in der Kampfkunst enthaltene philosophische Prinzipien hinweist. Um 1941 fand der Name Aikidō erstmals Erwähnung.